BioInformatics - Myanmar

Overview of Sequencing Data Analysis and Adapter Trimming Design

sequencing ျပဳလုပ္သည့္အခါ sequence data ေတြကို fragment အပိုင္းေလးေတြျပဳလုပ္ၿပီး adapter ကပ္ၿပီးမွာ sequencing စက္ကေန sequence data ဖတ္တယ္။အဲလိုဖတ္တဲ့အခါ sequence data ေရာ adapter ေရာကို Fastq file အေနနဲ႔ စက္ကေနထုတ္ေပးပါတယ္။ ရရွိလာတဲ့ Fastq file ထဲက Fragment ေတြပါဝင္တဲ့ adapter ေတြကိုဖယ္မွသာလိုခ်င္တဲ့ sequence data ကိုရရွိၿပီး Analysis ျပဳလုပ္နိုင္မွာပါ။ အဲဒီလို adapter ေတြကို ဖယ္ထုတ္ျခင္းကို trimming ျပဳလုပ္တယ္လိုေျပာၾကပါသည္။ trimming ျပဳလုပ္တဲ့အခါ sequencing ျပဳလုပ္တဲ့အေပၚမူတည္ၿပီး adapter ေတြကို remove ျပဳလုပ္ရပါမယ္။ sequence ျပဳလုပ္သည့္အခါ single-end sequencing နဲ႔ paired-end sequencing ဆိုၿပီး ျပဳလုပ္ၾကပါသည္။ single-end sequencing ဆိုရင္ ေတာ့ forward fastq file က တစ္ခုပဲထြက္လာၿပီး paired-end sequencing ဆိုရင္ေတာ့ forward and reverse file ႏွစ္ခုထြက္လာပါသည္ (ဉပမာ 4_S1_L001_R1_001.fastq, 4_S1_L001_R2_001.fastq ) ။ Covid DNA sequencing ကို paired-end sequencing ျဖင့္ျပဳလုပ္သည့္အခါ ထြက္လာသည့္ file size က ႏွစ္ခုေပါင္း 300 mb ေလာက္ရွိပါသည္။ sequence base pair(TTTTGTTACTTAT) ေပါင္း million နဲ႔ ရွိပါတယ္။ million ေလာက္ရွိသည့္ sequence data ေတြထဲက ေရာေနတဲ့ adapter ေတြကို ဖယ္ထုတ္ဖို့ဆို ရင္ fragment sequence data ေတြနဲ႔ adapter ေတြ တည္ေဆာက္ပုံကို နားလည္းဖို့လိုပါတယ္။ ေအာက္ပါတြင္ ပုံမ်ားျဖင့္ေဖာ္ျပေပးထားပါတယ္။